Il giardino della Latomia dei Cappuccini, con la sua scenografica cornice intagliata nella profondità della roccia, sfugge ad ogni legge di regolarità o simmetria e costituisce un esempio singolare di commistione tra verde ornamentale e vegetazione naturale, conservatosi nel tempo isolato dal contesto urbano pur essendone interamente circondato. Ai fini di una descrizione sembra pertanto appropriato distinguere i due aspetti, pur sottolineando come spesso essi di sovrappongano in un unico, lussureggiante insieme.

Aspetti ornamentali
Una struttura organizzata di giardino è rilevabile solo nella prima parte della Latomia, dove i recenti interventi di pulitura hanno reso visibili aiuole e vialetti ed eliminato la vegetazione infestante. Qui si ritrovano diverse specie, anche di notevoli dimensioni, che testimoniano la primitiva destinazione dell'area a coltura di piante fruttifere. Ai diversi agrumi, caratteristici dei giardini siciliani, si accompagnano nespoli, albicocchi, olivi e alcuni esemplari, oggi maestosi, di noci, bagolari e allori. Tra le piante esclusivamente ornamentali alcune palme (Phoenix canariensis, Livistona chinensis, Trachycarpus fortunei), oltre all'albero di Giuda (Cercis siliquastrum), il pittosporo (Pittosporum tobira), il bosso (Buxus sempervirens) e diverse agavi. I sentieri sono delimitati da filari di cipressi (Cupressus sempervirens), di miopori (Myoporum tenuifolium) e di oleandri (Nerium oleander). Tra le specie erbacee prevalgono le bulbose o rizomatose come Antholyza aethiopica, Ruscus hypoglossum, Zantedeschia aethiopica, Cyperus alternifolius.
Meno evidente è l'organizzazione strutturale delle altre parti della Latomia, dove l'intrico della vegetazione rende difficile anche il solo accesso. Pure qui, comunque, sono presenti numerose ornamentali molte delle quali, come Myoporum tenuifolium, Pittosporum tobira, Laurus nobilis, Phoenix canariensis e Abutilon pictum, manifestano una spiccata capacità di rinnovamento. Risaltano, inoltre, per maestosità e imponenza, esemplari di carrubo (Ceratonia siliqua), leccio (Quercus ilex) e bagolaro (Celtis australis). Tra le succulente si osservano Euphorbia tirucalli, Opuntia linguiformis, Aloe arborescens, Agave americana.

Aspetti di vegetazione spontanea
 Alcuni aspetti di vegetazione naturale sono certamente preesistenti all'impianto del giardino e legati alla peculiare topografia del luogo, come i diversi frammenti di macchia e la vegetazione delle rupi che possono ricondursi alla vegetazione potenziale. Molti altri aspetti di vegetazione spontanea sono invece successivi all'abbandono colturale del giardino.
Al fine di condurre un'analisi di questi tipi di vegetazione sono stati realizzati dei rilievi fitosociologici che hanno permesso di individuare le fitocenosi qui di seguito descritte.
Macchia sempreverde - E' presente su piccole superfici localizzate nelle cenge o nella parte sommitale dei costoni rocciosi e risulta caratterizzata dalla presenza di alcune arbustive sclerofille sempreverdi tra cui, in particolare, Rhamnus alaternus, Pistacia lentiscus, Olea europea ssp. sylvestris, oltre a Anagyris foetida, Teucrium flavum, Asparagus acutifolius e Rubia peregrina. Questa macchia costituisce con molta probabilità l'aspetto di vegetazione potenziale climax del territorio.
Vegetazione rupicola - E' frequente su tutte le pareti verticali che delimitano il perimetro della Latomia. Sulle pareti più soleggiate risulta caratterizzata da alcune casmofite come Antirrhinum siculum, Ficus carica, Matthiola incana, Trachelium lanceolatum e Capparis spinosa. Laddove si manifestano situazioni di stillicidio, anche di tipo stagionale, si localizza invece la vegetazione a Adiantum capillus-veneris associata ad un ricco corteggio di briofite. Cespuglieti lianosi - Alla base delle alte pareti della Latomia si crea un ambiente ombroso e umido nel quale si insediano diverse specie lianose che danno origine ad una formazione densa e intricata. Fisionomicamente essa è caratterizzata da Rubus ulmifolius al quale si accompagnano Tamus communis, Calystegia sylvatica, oltre a Aristolochia sempervirens, una specie di notevole interesse fitogeografico ad areale sud-mediterraneo, molto rara in Sicilia e localizzata soprattutto nel territorio ibleo. 
Vegetazione antropogena - Diffusa lungo i sentieri pedonali più assolati che attraversano la Latomia, è la vegetazione viaria a Oryzopsis miliacea, alla quale si accompagnano diverse specie sinantropiche come Daucus carota, Conyza bonariensis, Carlina corymbosa, Ballota nigra, Euphorbia pinea, ecc. Sotto la chioma dei grandi alberi o all'ombra dei costoni rocciosi è diffusa la vegetazione sciafilo-nitrofila a Smyrnium olusatrum e Acanthus mollis accompagnate da Parietaria diffusa, Urtica membranacea, Galium aparine, Oxalis pes-caprae, Arum italicum, Allium triquetrum, ecc. Laddove si localizzano cumuli di macerie di diversa provenienza si osserva una vegetazione caratterizzata da alcune specie esotiche invasive quali Ricinus communis, Ailanthus altissima, Ipomea tricolor oltre a varie altre specie sinantropiche come Parietaria diffusa, Rubus ulmifolius e Calystegia sylvatica.