L’Alcantara e molti dei suoi affluenti sono stati sottoposti in più tratti a diversi interventi di sistemazione idraulica come arginature, imbrigliamenti, rettificazioni e cementificazioni.

Tali interventi, realizzati allo scopo di regolamentare la portata e per evitare danni ai terreni agricoli attigui, appaiono spesso pretestuosi e inutili se si considera che hanno determinato la perdita dei valori naturalistici più interessati.

L'ambiente è stato anche degradato da altre attività antropiche come il taglio degli alberi, l'incendio e il pascolo incontrollato. Maggiormente danneggiati sono stati i plataneti, che in passato erano molto comuni nel tratto medio del corso del fiume. Attualmente i plataneti rischiano l’estinzione, sono diventati sporadici, frammentari e si presentano molto degradati.

L’istituzione del Parco fluviale della Valle dell’Alcantara è la premessa per iniziative di salvaguardia che porteranno il reinserimento della vegetazione naturale lungo il fiume.