Le sponde del Fiumefreddo sono interessate da popolamenti a cannuccia di palude (Phragmites australis). In questa fitocenosi, che si presenta spesso molto densa, si rinvengono poche altre specie fra cui poligono seghettato (Polygonum salicifolium) e la menta acquatica (Mentha acquatica). Anche questa fitocenosi risulta rara in Sicilia essendo segnalata solo per altre due località il Pantano Gurna e il Fiume Ciane.

Presso la sorgente principale, questa vegetazione si arricchisce della presenza del papiro (Cyperus papyrus ssp. siculus). Sull'indigenato di questa popolazione di papiro ci sono pareri discordanti, comunque è da rilevare che essa era già nota per la zona sin dall'ottocento.

Presso la foce e in alcuni tratti lungo il corso del fiume sono presenti i popolamenti, quasi monospecifici, di sparganio (Sparganium erectum). In questa fitocenosi si rinviene talora il giaggiolo d’acqua (Iris pseudacorus) dalle vistose fioriture gialle. In Sicilia questa fitocenosi, tipica di ambienti con acque fredde, è piuttosto rara e localizzata: risulta segnalata solo per alcune località dei Nebrodi e degli Iblei.

Limitati tratti delle sponde del fiume sono occupati dai cariceti a Carex riparia, posti in posizione più rialzata rispetto ai canneti. Si ossevano, inoltre, cariceti a Carex otrube presenti nei piccoli canali. I cariceti sono stati molto danneggiati dalle operazioni di sfalcio e di aratura delle sponde.