In seguito al prelievo delle acque freatiche, a partire dagli anni ‘90, si è avuto un abbassamento del livello di falda che ha comportato una drastica variazione del regime idrico del fiume: la portata è diminuita e presenta variazioni stagionali notevoli, con la conseguenza che in estate il fiume tende a prosciugarsi. In particolare la sorgente posta a più a monte nel periodo estivo è pressoché asciutta, mentre quella posta a valle, presenta una portata notevolmente ridotta.

La variazione del regime idrico ha pesantemente inciso sulla vegetazione del Fiumefreddo. Da un indagine appositamente svolta, risulta che a subire i maggiori danni sono stati gli aspetti vegetazionali più peculiari con ecologia maggiormente specializzata.

L'alterazione della preesistente vegetazione ha comportato una notevole riduzione della diversità biologica, con la scomparsa delle specie più particolari. Le fitocenosi strettamente legate alle acque correnti sono estinte o occupano limitate superfici, mentre contemporaneamente si è avuto una espansione della vegetazione nitrofila cioè l'ingresso di diverse specie nitrofile, che alterano e banalizzano l'originaria composizione floristica.

Il problema primario che occorre affrontare per la conservazione del Fiumefreddo è l’acqua. L’esistenza dei peculiari ambienti fluviali dipendono chiaramente dalla presenza di acque correnti. Per riportare l'acqua al fiume basterebbe spostare alla foce parte dei prelievi specie quelli a scopo irriguo.

Un secondo problema da affrontare nella riserva sono le attività agricole condotte fino a ridosso delle sponde del fiume che impediscono il formarsi della vegetazione ripale.

La riserva naturale Fiume Fiumefreddo, sebbene fortemente antropizzata, conserva diversi aspetti di vegetazione di notevole valore naturalistico, a testimonianza della particolare ecologia del sito.