Ricco e variato di specie, anche se tuttora incompletamente conosciuto, è il mondo degli invertebrati. Allo stato attuale, a parte le numerosissime specie di molluschi, ragni, miriapodi e insetti che vivono lungo le sponde, se ne conoscono circa 250 specie propriamente acquatiche, ma solo queste certamente superano ampiamente il migliaio. Tra le più comuni sono il mollusco Ancylus fluviatilis, il gambero di fiume (Potamon fluviatilis) e i gamberetti (Palaemonetes antennarius e Atyaephyra desmaresti) tra i crostacei.

Decisamente più ricco e variegato è il mondo degli insetti che sono presenti con oltre 200 specie sinora censite. La maggior parte degli insetti acquatici vive nel fiume ove vengono deposte le uova soltanto allo stadio di larve e di ninfa, mentre gli adulti volano in stretta prossimità delle acque o si trattengono fra le erbe della vegetazione. Ben rappresentati sono i coleotteri, i ditteri, le efemere (Efemerotteri), le libellule (Odonati), grandi e infaticabili predatori di altri insetti, e le perle (Plecotteri), insetti particolarmente interessanti in quanto buoni indicatori biologici per la loro sensibilità all'inquinamento. Altri validi indicatori biologici sono le friganee (Tricotteri) di cui solo gli stadi giovanili vivono nell'acqua.