La vegetazione alofila occupa le depressioni salmastre poste in posizione retrodunale. Presso la foce del Simeto si osservano numerose fitocenosi alofile, ciascuna legata a particolari condizioni ecologiche.
La porzione più interna dei pantani salmastri è occupata da una vegetazione terofitica caratterizzata da popolamenti quasi monofitici Salicornia europea; questa vegetazione manifesta il suo pieno rigoglio vegetativo in estate. In stazioni soggette a periodi di sommersione più brevi si osserva, invece, un tipo di vegetazione fisionomicamente dominato da Salicornia perennis, cui si aggiunge Aeluropus lagopoides. E' la vegetazione alofila più largamente distribuita in quest’area e tende ad occupare le stazioni prossime alla foce e alcuni tratti dei pantani salmastri presenti nell’area.
Nelle stazioni più lontane dal mare e sottoposte a brevi periodi di inondazione è presente invece un tipo di vegetazione dominato da Arthrocnemum macrostachyum cui si associano Juncus subulatus, Limonium angustifolium, Suaeda vera, ecc.
In stazioni più xeriche, interessate solo occasionalmente da inondazioni e situate per lo più in corrispondenza dei tratti più periferici delle aree palustri o delle sponde dei canali si rinviene la cenosi ad Agropyron scirpeum, Inula crithmoides, Halimione portulacoides. Essa è piuttosto diffusa nel territorio della foce e rappresenta lo stadio più evoluto della vegetazione alofila; a tratti è sostituita da aspetti a Festuca arundinacea e Agropyron pungens.
Attorno alle aree palustri e sui terrapieni che delimitano l’alveo artificiale della foce Simeto si rinviene una vegetazione fisionomicamente dominata da Suaeda vera, cui si associano poche altre specie e tra queste Halimione portulacoides. Sono tipici aspetti alo-nitrofili legati a stazioni ruderali con un substrato limoso-argilloso. Sporadicamente sono presenti altre specie quali Limonium angustifolium, Trachynia distachya, Hordeum leporinum, Moricandia arvensis e Carlina lanata
Presso il Lago Gornalunga si insedia, la vegetazione a Juncus maritimus e Inula crithmoides, a cui si associano inoltre Aster tripolium, Carex extensa, Limonium angustifolium, ecc. Questa fitocenosi predilige stazioni sommerse da acque debolmente salate per periodi alquanto prolungati.
In stazioni umide retrodunali con substrato sabbioso si insediano i giuncheti a Juncus maritimus e Juncus acutus. Si tratta di una fitocenosi abbastanza diffusa nella riserva e costituisce un aspetto di collegamento tra la vegetazione alofila e quella psammofila.