Ma è sui fondali che si assiste ad una vera ricchezza di vita animale, differente sul substrato roccioso e su quello sabbioso presente tra il porto e l'isola e tra l'isola e Capo Mulini.

Sui fondi rocciosi, essenzialmente basaltici, il popolamento faunistico vede organismi sessili quali Poriferi, Gorgoniacei, Briozoi ramificati ed incrostanti (Myriapora truncata o falso corallo, Sertella baeniana o ex Retepora) etc., Anellidi Policheti (Sabella spallanzanii o Spirografo), Crostacei (Chthamalus, Balanus), Tunicati Ascidiacei, Echinodermi Crinoidei (Antedon mediterranea o Giglio di mare). Tra gli organismi vagili si notano Crostacei Brachiuri (Pachygrapsus marmoratus, Maja verrucosa), Anellidi Policheti (Hermodice carunculata o verme cane), Echinodermi Ofiuroidei (Amphiura chiajei, Ophioderma longicaudum) etc.

Nei fondi molli sono presenti, in base alla profondità, la biocenosi delle sabbie grossolane e ghiaie fini sotto l'influenza delle correnti di fondo (SGCF), la biocenosi del detritico costiero (DC) e la biocenosi dei fondi detritici infangati (DE).

Nella prima (SGCF), che è la più superficiale (sino a circa 20 m), sono presenti il Leptocardo Branchiostoma lanceolatum (Anfiosso), i Policheti Armandia polyopthalma, Sigalion squamatum etc., i Molluschi Dentalium vulgare (Scafopode), Glycymeris bimaculatus, Donax variegatus (Lamellibranchi).

Il detritico costiero, presente a profondità superiori (sino a circa 50 m), è caratterizzato dai Policheti Laetmonice hystrix, Vermiliopsis infundibulum, Petta pusilla, dal Crostaceo Brachiuro

Ebalia tuberosa, dal Mollusco Lamellibranco Laevicardium oblongum. Grandi distese di fondi sono colonizzati dall'ascidiaceo Microcosmus sulcatus (uovo o limone di mare).

La biocenosi DE con i Policheti Aphodita aculeata (topo di mare) ed Eupanthalis kinbergi è presente più al largo.

Sui fondali dell'isola sono state rinvenute specie nuove per la scienza: tra i Policheti, ad esempio, figurano Micronereis siciliensis, Labrorostratus jonicus, Ophiodromus longocirratus e Perinereis rullieri. Sono state segnalate anche specie nuove per le coste siciliane od italiane o per il Mediterraneo.

Per quanto riguarda la vegetazione, i fondali delle isole dei Ciclopi, ed in particolare quelli rocciosi del versante E dell'isola Lachea (la più grande di esse), ospitano una vegetazione estremamente ricca di specie e mutevole man mano che si scende verso il basamento posizionato intorno ai 30-35 m di profondità. La vegetazione sommersa è caratterizzata da grandi alghe brune fotofile (appartenenti al genere Cystoseira) che formano dei popolamenti assimilabili alle foreste della vegetazione terrestre. Si tratta infatti di una vegetazione stratificata costituita da uno strato elevato rappresentato da queste grandi alghe brune, da una ricca flora di piccole epifite (alghe che utilizzano come substrato i talli di altre specie) e da una ricca vegetazione di sottostrato costituita da alghe sciafile che vivono all'ombra delle specie erette di grossa taglia. Tali popolamenti, detti Cistoseireti, si succedono in senso batimetrico essendo caratterizzati, di volta in volta, da specie diverse di Cystoseira, ciascuna delle quali ha delle precise esigenze ecologiche che trova solo a determinati livelli batimetrici. Il paesaggio vegetale sommerso cambia pertanto con la profondità, analogamente a come cambiano gli aspetti vegetazionali terrestri al variare dell'altitudine.

Dal livello medio del mare verso il basamento si possono distinguere cinque distinte fasce vegetazionali. La più superficiale, caratterizzata dalla Cystoseira amentacea var. stricta, emerge parzialmente durante la bassa marea e si spinge fino a circa 1 m di profondità. Ad essa segue la fascia della Cystoseira brachycarpa che si può riscontrare fino a 4-5 m di profondità dove lascia il posto alla fascia a Cystoseira sauvageauana, dal portamento simile ad un alberello. La fascia successiva si estende tra i 15 e i 22 m di profondità ed è caratterizzata da un'altra specie con portamento ad alberello: la Cystoseira spinosa. Queste quattro fasce vegetazionali si inquadrano nella cosiddetta biocenosi delle alghe fotofile (cioè delle alghe che si sviluppano in ambiente ben illuminato) che in Mediterraneo è tipica del piano "infralitorale" di substrato duro. La quinta fascia vegetazionale, che fa parte del piano "Circalitorale", è caratterizzata dalla Cystoseira dubia che si insedia sul sedimento che si accumula negli anfratti del substrato roccioso dai 25 ai 35 metri di profondità.

I Cistoseireti che si riscontrano nei fondali delle Isole dei Ciclopi sono in generale ben strutturati e molto ricchi floristicamente; inoltre la loro successione in senso batimetrico segue la sequenza classica descritta per i substrati rocciosi del Mediterraneo e purtroppo non più facilmente riscontrabile lungo i fondali di questo mare. Fra le Cistoseire, possono inoltre intercalarsi altre alghe di grandi dimensioni, quali alcuni Sargassi e la Dictyopteris polypodioides, quest'ultima nota tra i pescatori locali con il nome di "erba di ciauru".

In tutte le fasce vegetazionali sopra citate esistono ricchi popolamenti di sottostrato costituiti da specie sciafile (soprattutto alghe rosse). Le specie sciafile, oltre che formare popolamenti di sottostrato dei Cistoseireti, formano popolamenti anche negli anfratti rocciosi e nelle pareti non direttamente esposte alla luce, laddove le Cistoseire (fotofile) non si sviluppano.

Inoltre, i fondali sabbiosi che si riscontrano nel breve tratto di mare che separa le Isole dei Ciclopi dalla terra ferma e aventi una profondità massima di circa 12 metri nella parte mediana, ospitano una vegetazione a Fanerogame marine e in particolare un prateria di limitata estensione a Posidonia oceanica, qua e là interrotta da piccole aree a Cymodocea nodosa laddove le sabbie tendono ad essere mescolate a fango. In particolare, la prateria a Posidonia oceanica, tipico aspetto vegetazionale di substrato mobile dell'infralitorale in Mediterraneo, anche se di limitata estensione in quest'area, si presenta ben strutturata con le foglie di Posidonia che rappresentano un adatto substrato per numerose specie algali epifite ed i rizomi che ospitano un tipico popolamento sciafilo caratterizzato soprattutto da alghe rosse del genere Peyssonnelia.

Infine, oltre agli interessanti aspetti vegetazionali sopra citati, i fondali delle Isole Ciclopi ospitano sia specie algali aventi l'Isola Lachea come località tipo (Ceramium giacconei, Taonia lacheana) sia specie che trovano in questo habitat le condizioni ottimali per la loro riproduzione (ad es. Balliella cladoderma).

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