La vegetazione è molto varia e interessante e i boschi ne costituiscono una parte rilevante.
Iniziando le osservazioni dal fiume, lungo il corso d'acqua si osservano i boschi ripali a Platanus orientalis, specie est mediterranea, in Sicilia diffusa solo nelle cave iblee e in alcuni valloni dei Peloritani e Salix pedicellata specie mediterraneo-occidentale. Questi boschi prendono contatto con i boschi di leccio (Quercus ilex) che si insediano sui versanti della valle. La presenza della lecceta è favorita dalla situazione di valle incassata che possiede quindi un microclima più umido dei pianori, dove un tempo erano presenti boschi di querce caducifoglie termofile come Quercus virgiliana , scomparsi quasi completamente per far posto alle pratiche agricole. In base all'esposizione dei versanti e alle condizioni edafiche la lecceta presenta connotazioni floristiche diverse, indicatrici di condizioni ecologiche differenti.
Nelle zone più fresche ed ombreggiate come i versanti esposti a nord e negli stretti fondovalle la lecceta è caratterizzata da alcune specie erbacee come il Doronicum orientale,specie del Mediterraneo orientale che normalmente è orofila, e dalle endemiche siciliane Scutellaria rubicundae Aristolochia clusii.
Quando la disponibilità idrica è ancora più favorevole come lungo le linee di compluvio la lecceta si caratterizza per la presenza dell'Ostrya carpinifolia, albero forestale in Sicilia abbastanza raro.
Nel sottobosco di queste leccete, quando si determinano situazioni particolarmente umide e fresche e con affioramenti rocciosi calcarei estesi ma frantumati, si possono rinvenire le rare stazioni di Urtica rupestris
Nei versanti più soleggiati come quelli meridionali, con suoli poco profondi, spesso con rocce affioranti, la lecceta è più termofila e possiede infatti uno strato arbustivo ricco di specie di macchia come Pistacia lentiscus, Prasium majus, Olea europea var. sylvestris, Ceratonia siliqua, Clematis cirrhosa, ecc.
Di notevole interesse sono anche gli aspetti di vegetazione arbustiva o di gariga. In particolare nei versanti ad esposizione settentrionale si rinviene una macchia caratterizzata da Bupleurum fruticosum, Coronilla emerus, fisionomicamente dominanti; frequenti anche Pistacia terebinthus, Euphorbia characias e alcune liane come Tamus communis e Smilax aspera. Nei versanti più soleggiati è diffusa una gariga a dominanza di Erica multiflora e Rosmarinus officinalis, di spicco è la presenza di Helichrysum scandens, endemismo ibleo. Negli stessi versanti in condizioni di maggiore affioramento roccioso si osserva una bassa macchia a dominanza di Euphorbia dendroides.
Gli incendi frequenti in alcune aree hanno favorito l'instaurarsi di praterie a grosse graminacee cespitose come gli ampelodesmeti a dominanza di Ampelodesmos mauritanicuse gli iparrenieti più termofili e legati a suoli più sciolti a dominanza di Hyparrhenia hirta. Benché questi aspetti siano espressione di degrado della vegetazione essi annoverano specie di notevole interesse come Helichrysum hybleum, specie endemica legata agli ampelodesmeti.
Fra gli aspetti di vegetazione annuale merita di essere menzionata la vegetazione tipica delle conche rocciose con un ridotto strato di terriccio dove si insediano aspetti a dominanza di Sedum caeruleum particolarmente appariscenti in primavera per la colorazione rossastra di questa specie che forma dei fitti praticelli.
La Val d'Anapo possiede numerosi altri aspetti vegetazionali che, in una rapida carrellata come questa, non è possibile menzionare, si è pertanto preferito descrivere brevemente quelli più appariscenti e di maggiore interesse naturalistico.
