Per quanto riguarda la vegetazione, benchè l'isola sia stata fin dalla metà dell'ottocento estesamente coltivata, essa presenta ancora numerosi esempi di vegetazione naturale talora più o meno degradati, rilevati soprattutto nei tratti più impervi e non utilizzati a scopi agricoli. L'antropizzazione ha chiaramente favorito l'espandersi della flora e relativa vegetazione nitrofila a discapito delle formazioni naturali che hanno subito spesso una drastica riduzione. Nonostante ciò l'isola mostra ancora un certo interesse sia paesaggistico che naturalistico meritando un'adeguata salvaguardia e protezione da ulteriori azioni di disturbo o degrado.
Nel complesso l'isola di Linosa, nonostante le sue piccole dimensioni, si presenta abbastanza ricca di tipi vegetazionali ben diversificati fra loro.
La vegetazione arbustiva climacica dell'isola è rappresentata dal Periploco-Euphorbietum dendroidis, macchia marcatamente termo-xerofila abbastanza diffusa nelle isole del Canale di Sicilia. Attualmente questa associazione tende a ricoprire tutte le superficie pianeggianti o con una certa acclività che presentano un substrato più o meno incoerente e friabile.Si insedia pure nelle stazioni con affioramenti rocciosi, limitatamente ai tratti in cui esiste un suolo sufficientemente sviluppato.
Le superfici prettamente rocciose si presentano in genere prive di vegetazione fanerogamica che viene sostituita da cenosi licheniche molto appariscenti. Soltanto in corrispondenza dei tratti in cui si accumula un pò di terriccio si insediano aspetti di vegetazione annuale di tipo microfitico. Ciò è chiaramente da collegare all'estrema aridità dell'isola, oltre che alla sua natura geologica, la quale non consente l'insediamento di formazioni litofile o casmofile così come si osserva in molte altre isole del Canale di Sicilia.
Sulle sciare fortemente acclivi costituite da depositi di scorie e sabbie che ricoprono i fianchi di alcuni edifici vulcanici si sviluppa il Pancratietum angustifolii, vegetazione perenne prettamente pioniera a carattere edafico.
Lungo le coste rocciose, limitatamente ai tratti più o meno pianeggianti di natura basaltica, direttamente interessati dagli agenti marini, sono frequenti delle formazioni legate ad una certa salinità edafica. Nelle stazioni vicino alla battigia si insedia il Limonietum algusae, vegetazione abbastanza diradata che ricopre spesso estese superficie, la quale viene sostituita, nella fascia più interna e meno interessata dalla salsedine dagli aspetti a Senecius bicolor e Lycium intricatum fisionomicamente caratterizzati da bassi ed intricati cespugli.
In particolare sull'isola risultano abbastanza diffusi i praticelli effimeri a nano-xerofite, in seno ai quali possono essere distinte diverse associazioni ben differenziate sotto il profilo floristico ed ecologico. Si tratta di apetti vegetazionali normalmente di sostituzione, ma che talora possono assumere un significato edafico. Fra questi sono da ricordare il Plantagini-Erodietum linosae, frequente soprattutto in mezzo alla macchia, il Catapodio-Sedetum litorei delle cengie rocciose, il Sedo-Valantietum calvae delle stazioni cacuminaliil Sileno-Bellietum minuti delle nicchie ombreggiate del litorale roccioso, ecc.
La degradazione della macchia favorisce, in corrispondenza delle stazioni ben protette dai venti e dalla salsedine, la costituzione di praterie perenni ad Hyparrhenia hirta legato ai substrati più o meno incoerenti.
I processi di antropizzazione hanno determinato una sostanziale modifica degli originari ambienti naturali dell'isola. Le estese aree pianeggianti sono in massima parte adibite a colture sia di tipo legnoso, come i vigneti, che erbaceo, nei quali si insedia una vegetazione infestante abbastanza specializzata rappresentata dall' Heliotropietum dolosi. I campi a riposo colturale e gli incolti sono normalmente interessate da aspetti a Chrysanthemus coronarius ed Hippocrepis multisiliquosa.
Abbastanza diffuse sono pure le associazioni prettamente ruderali che si rinvengono sui depositi di macerie o accumuli di sostanza organica; fra queste sono da segnalare gli aspetti a Lavatera cretica e Lavatera arborea.
