L'Erbario del Dipartimento di Botanica, il cui nucleo iniziale si deve al Tornabene, fondatore dell'Orto, ospita attualmente collezioni di particolare importanza storica e raccolte recenti, custodite in 80 armadi per un totale di oltre 200.000 fogli di erbario.

In mancanza di un adeguato spazio che possa ospitare tutte le collezioni, l'Erbario è dislocato in tre aree distinte:

- locali seminterrati dell'ex abitazione del Direttore, dove sono archiviate le collezioni di valore storico e parte delle nuove raccolte;

- cortile dell'edificio principale, dove sono ospitate in parte le nuove collezioni ed in parte il materiale in fase di lavorazione;

- laboratorio di floristica, dove si procede allo smistamento, alla essiccazione, alla spillatura, alla sterilizzazione, alla determinazione ed alla etichettatura dei campioni.